1913年10月6日，国会选出袁为第一任正式大总统。11月4日，袁世凯以叛乱罪名下令解散国民党，并驱逐国会内国民党籍议员。国会由于人数不足而无法运作，不久即被解散。袁世凯从此成为寡头总统。应桂馨、赵秉钧不久即被灭口，宋教仁案不了了之。
由宋教仁遇刺引发兵戎相见的二次革命，是民国史上一个不幸的开端。不少建立民主国家必须的举措，如将军队国家化、民选议会、以法治国等等，于事后都失去了健康发展的契机。代之而起的是明目张胆的军队干政、起迭不断的革命与反革命，引致兵祸连连。袁世凯在事件中的责任是不容旁贷，事后的历史亦证明了他的野心。
国民党联合资产阶级，并且没有兵权。政治基础不牢，武装力量薄弱，亦二次革命失败原因之一。二次革命的领导者没有发动广大人民群众参加。仓促上阵的讨袁军，缺乏战略计划和统一指挥，缺乏战略协同，他们冷冷清清，孤军奋战，甚至连多数国民党议员都还在北京留恋议席。在这种情况下，袁世凯靠帝国主义的支持，以优势的武力，很快把讨袁军打败。
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