金鱼的种种颜色，主要是由于真皮层中许多有色素皮肤细胞枣色素细胞所产生。金鱼的颜色成分只有3种：黑色色素细胞、橙黄色色素细胞和淡蓝色的反光组织。所有的这些成分都存在于野生鲫鱼中。家养金鱼鲜艳多变的体色，这只不过是这3种成分的重新组合分布，强度、密度的变化，或消失了其中一个、两个或三个成分而形成的。
有些同种鱼类的不同个体间具有不同的色彩。有些鱼类同一个体的一色，在一定的范围内随着背景的改变而发生变化。这是鱼类对生存环境的特殊适应。这种变化，随着物种的不同，变色的能力、速度会有所不同。
会变色的鱼类特别多，金鱼是其中一种，变色主要受神经系统和内分泌系统控制，大多数对颜色的感应主要依靠头部神经系统。主要原因是为了适应环境色彩，同时还有其他因素。比如在受电光照射后，就会把一定的颜色和斑纹显示出来。当鱼受伤、生病或水中缺氧、水质变差时，鱼的体色会变暗，失去光泽。
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